مسئولان زندان نمیتوانند به میل خود یک زندانی را تنبیه کنند و مثلا او را از حق تلفنکردن یا حق ملاقات محروم کنند. در آییننامه اجرایی سازمان زندانها تخلفاتی پیشبینی شده است که فقط در صورتی که زندانی مرتکب آنها شود و شورای انضباطی زندان بررسی کند، میتوان زندانی را تنبیه کرد.
فقط چهار نوع تنبیه برای زندانیان وجود دارد:
۱- محرومیت از انواع ملاقاتها حداکثر تا سه نوبت (به استثنای ملاقات با وکیل و مقامات رسمی)
۲- محرومیت از مرخصی حداکثر تا سه ماه
۳- انتقال از مراکز حرفه ¬ آموزی و اشتغال به زندان بسته یا نیمهباز
۴- محرومیت از پیشنهاد عفو و آزادی مشروط حداکثر تا شش ماه
انفرادی یا نگهداری زندانی در اتاقهای تک نفره هر چند در آییننامه قبلی به عنوان تنبیه پیشبینی شده بود در آییننامه جدیدی که در سال ۱۴۰۰ تصویب شده، پیشبینی نشده است. در حالی که در یکی از مواد آن به صورت غیر مستقیم و مبهم اجازه استفاده از آن صادر شده است. با وجود این چون در قانون آیین دادرسی کیفری صراحتا تنبیهات زندانیان پیشبینی شده و انفرادی جزو آنها نیست، در انفرادی نگهداشتن محکومین، غیرقانونی است.