در برخی از موارد، بهخصوص وقتی که اتهام امنیتی مطرح است، ممکن است متهم را برای بازجویی به بازداشتگاههای امنیتی بفرستند. این بازداشتگاهها در وزارت اطلاعات، سپاه، نیروهای مسلح و نیروی انتظامی وجود دارد. بازداشتگاهای امنیتی بر اساس «آییننامه نحوه اداره بازداشتگاههای امنیتی» اداره میشوند و تابع مقررات سازمان زندانها هستند.
یعنی در این بازداشتگاهها نیز باید ضوابطی که در آییننامه اجرایی زندانها پیشبینی شده است، رعایت شود. باید توجه شود که برای نگهداری یک شخص در این بازداشتگاهها اولا باید پرونده کیفری علیه او تشکیل شده باشد، دوم دستور قضائی در این مورد وجود داشته باشد، سوم اینکه نگهداری متهمان غیرامنیتی در این بازداشتگاهها ممنوع است.
بر اساس آییننامه مربوطه، علاوه بر قاضی رسیدگیکننده به پرونده، دادستان یا نماینده او مکلفند حداقل هر پانزده روز یکبار از بازداشتگاههای مذکور بازدید کنند و گزارش آن را به رئیس قوه قضائیه اعلام کنند. همچنین لیست این بازداشتگاهها باید در اختیار مقامات قضائی قرار گیرد. نگهداری متهمان در بازداشتگاههایی که ثبت نشدهاند، غیرقانونی بوده و مستوجب مجازات است.