یکی از مسائل مهمی که باید در زندان به آن توجه شود، تفکیک و طبقهبندی زندانیان است. به این منظور که زندانیان بر اساس سابقه، سن، جنسیت، تابعیت، نوع جرم، مدت مجازات، وضع جسمانی و روانی، چگونگی شخصیت و استعداد و میزان تحصیلات و تخصص باید تفکیک شده و در بندهای مختلف و جداگانهای نگهداری شوند.
به عنوان مثال شخصی که به جرائم سیاسی و امنیتی محکوم شده است، نباید در بندی که مجرمان خطرناک وجود دارند، نگهداری شود. تفکیک زندانیان در واقع یکی از حقوق آنها محسوب میشود. در «آییننامه اجرایی سازمان زندانها» و «آییننامه نحوه تفکیک و طبقهبندی زندانیان» به مقررات مربوط به تفکیک اشاره شده است.
با وجود این در بیشتر زندانها به دلیل نبود فضای لازم، مسئولان مربوطه از اجرای مقررات تفکیک زندانیان خودداری میکنند. با این حال، هم خود زندانی و هم وکیل او میتواند از طریق مسئولان زندان یا قاضی اجرای احکام یا دادستانی تقاضای تفکیک کند.