به طور کلی نگهداری متهمین حتی متهمین به جرائم امنیتی در سلولهای انفرادی ممنوع است مگر در موارد خاص من جمله اینکه به تشخیص قاضی پرونده نگهداری متهم در سلول انفرادی بدلیل ممانعت از درز اطلاعات و تبانی با دیگر متهمان یا شهود و اشخاص مرتبط با موضوع پرونده و یا حفظ آثار و دلایل و یا در جهت حفظ جان و مال و حیثیت شخص متهم لازم و ضروری باشد در چنین صورتی آنهم با دستور قضایی صادره از مقام قضایی ذیصلاح مسئولین بازداشتگاه ها می توانند متهمین بازداشتی را در سلولهای انفرادی صرفا برای مدتی که مقام قضایی تعیین می نماید نگهداری نمایند. البته این موارد در قوانین ذکر نشده است اما در عمل برای انجام تحقیقات مقدماتی لازم است. همچنین براساس آیین نامه اجرایی سازمان زندان ها متهمین بازداشتی و یا محکومین به حبس را صرفا از بابت تنبیه زندانی آنهم حداکثر تا مدت بیست روز می توان در سلول انفرادی نگهداری نمود.