بازداشتگاه های امنیتی ذاتا براساس دستور ریاست قوه قضاییه تاسیس می گردد و تحت نظر سازمان زندانها و اقدامات تامین و تربیتی کشور اداره می شوند و براساس مقررات وزارت اطلاعات، حفاظت اطلاعات سپاه پاسداران و نیروهای انتظامی و سازمان حفاظت و اطلاعات سایر نیروهای مسلح با مجوزهای صادره از طرف قوه قضاییه می توانند چنین بازداشتگاه هایی را ایجاد و اقدام نمایند و مطابق بند الف ماده یک آیین نامه نحوه اداره بازداشتگاه های امنیتی: «بازداشتگاه های امنیتی محل نگهداری متهمانی است که به لحاظ حساسیت های امنیتی و نظامی و با قرار کتبی مقام های صلاحیت دار قضایی تا اتخاذ تصمیم نهایی به آنجا معرفی می شوند و تحت نظر سازمان زندانها و اقدامات تامین و تربیتی کشور اداره خواهد شد» و انتقال هر متهمی به مکان های نامعلوم و تکذیب آن مطابق بند 7 قانون احترام به آزادیهای مشروع و حفط حقوق شهروندی ممنوع است.