با توجه به اینکه بر اساس آیین نامه نحوه اداره بازداشتگاههای امنیتی همچنین آیین نامه اجرایی نحوه ایجاد، اداره و نظارت بر بازداشتگاههای انتظامی، بازداشتگاههای امنیتی و انتظامی تحت نظر سازمان زندانها است، آیین نامه اجرایی این سازمان در مورد این بازداشتگاهها نیز جاری است. مطابق ماده 277 آیین نامه مذکور زندانیان می توانند شکایتها و لوایح خود را از داخل زندان به مقامات صالح ارسال کنند و مسئولان نمی توانند از این حق ممانعت کنند. همچنین بر طبق ماده 51 قانون آیین دادرسی کیفری فرد تحت بازداشت یا خانواده او می تواند تقاضای انجام معاینه پزشکی از متهم را بکنند. بنابراین اگر شخصی در بازداشتگاههای امنیتی و یا در زندان با شکنجه مواجه شود بهتر است در اولین فرصت ممکن از مسئولان بازداشتگاه تقاضا کند تا امکانات لازم برای تنظیم شکایت را فراهم آورند. همچنین بهتر است تقاضا کنند تا در قالب ماده 51 از آنها معاینه پزشکی به عمل آید تا آثار ضرب و جرح ثبت شود. بهتر است مساله ضرب و جرم در اوراق بازجویی به کرات قید شود. اگر فرد وکیل دارد می تواند موضوع را به نحوی به اطلاع وکیل برساند تا ایشان نسبت به شکایت اقدام کند. از طرف دیگر در اصل سی و چهارم قانون اساسی دادخواهی به عنوان یکی از حقوق ملت برشمرده شده است. به هر حال اگر مسئولان بازداشتگاه به هر نحوی از ارسال شکایت ممانعت کردند پس از آزادی در سرع وقت می توان اقدام به شکایت کرده و خواستار ثبت آثار ضرب و جرح شد.