تنبیه انضباطی در زندان، تنها زمانی مشروعیت دارد که بر اساس مقررات صریح آیین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها، با رعایت تشریفات قانونی و در چارچوب مشخصی اعمال شود. ماده ۴۱ این آیین‌نامه به‌روشنی موارد و حدود تنبیهات را مشخص کرده و اعمال آن‌ها را مشروط به اثبات تخلف انضباطی زندانی و طی مراحل قانونی دانسته است.
با این حال، شواهد نشان می‌دهد که در موارد متعددی، به‌ویژه در مورد زندانیان سیاسی، این تنبیهات نه بر پایه قانون، بلکه به قصد فشار، آزار و ارعاب صورت گرفته‌اند. به عنوان نمونه، محرومیت از تماس تلفنی یا ملاقات با خانواده، برخلاف ماده ۴۱، در مواردی به‌صورت فراقانونی و بیش از سقف مجاز (سه نوبت) اعمال شده است.
از سوی دیگر، بر اساس ماده ۴۲ آیین‌نامه، برخی اقدامات مانند محروم کردن زندانی از هواخوری یا مطالعه کتاب به‌صراحت ممنوع شده‌اند و به هیچ‌وجه نمی‌توان آن‌ها را به عنوان تنبیه انضباطی اعمال کرد. با این حال، اسناد و گزارش‌های معتبر حاکی از آن است که چنین محرومیت‌هایی نیز به‌طور غیرقانونی به کرات علیه برخی زندانیان به اجرا درآمده است.
بر این اساس، وکلای جوان حقوق بشری باید بدانند که نظارت بر اجرای قانونی مجازات‌ها و حقوق زندانی، بخشی مهم از نقش وکیل مدافع است. هرگونه تنبیه خارج از حدود مقررات یا بدون رعایت تشریفات قانونی، نقض حقوق زندانی محسوب می‌شود و می‌تواند مبنایی برای اعتراض رسمی و حتی پیگرد حقوقی مسئولان زندان باشد.